本技术是一种免培养的微生物定性和绝对定量技术，可用于肠道、环境、食品中微生物的高通量检测。复杂的微生物群落，如肠道菌群，土壤菌群，食品发酵或腐败微生物菌群，由于微生物种类多，有些厌氧菌难以获得纯培养，因此难以通过传统方法进行定量。现有复杂微生物群落的定性与定量检测技术包括形态学计数、芯片检测、16S rRNA 测序、宏基因组测序和实时定量 PCR（PolymeraseChain Reaction，聚合酶链式反应）。形态学计数检测需要对微生物进行预培养，耗时长，不可培养微生物不可检测，一次仅能够检测一种微生物，通量低，在计数时抽样量有限，且结果粗糙，无法对种以下的分类单元进行区分。芯片检测所需的待测样品的 DNA 量大，需要对微生物进行预培养及富集处理，检测结果不准确，且无法做定量检测。16S rRNA 测序无法对种以下的分类单元进行区分。宏基因组测序深度有限，对于低含量的微生物的定量检测准确度很差。实时定量 PCR 一次只能检测一种微生物，通量低。另外，已有方法共有缺陷是，无法计算微生物定性与定量的可靠性，使得结论实用性差。

本技术不需要对微生物进行预培养与增殖，耗时短，可同时检测多种微生物，通量高，计数时抽样量大，检测结果精细，能够对分类单元进行区分，无需大量的DNA 并避免了富集培养，检测结构无噪音且准确，对于低含量微生物的定量准确度高，且对于微生物定性和定量的检测结果准确、分辨率高、灵敏度高、有概率保障，检测过程简单、快速且流程规范。本发明提供的方法有助于肠道疾病及时且精确地进行诊断。

本技术的检测原理为：首先确定待测样品中的目标微生物类群、目标微生物和非目标生物、以及不存在于所述待测样品中的参考微生物；其次是设计目标微生物类群与目标微生物的特征区域，并设计特征区域的多重扩增引物；然后在待测样品中加入参考微生物与外源核酸后，提取待测样品中的微生物的核酸；利用设计的多重引物扩增微生物核酸，扩增获得特征测序片段；最后利用特征测序片段定性、定量分析待测样品中微生物。

本技术的形式为：检测方案设计和检测试剂盒。

检测精度：精确到所有已知序列的特定菌株；根据不同置信度要求，同时检测目标微生物种类最高可达1000 种； 能给出精确度较高的微生物绝对定量数据。